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Fisher se opôs às conclusões de Richard Doll e AB Hill de que fumar causa câncer de pulmão. Ele comparou as correlações nos trabalhos de Doll e Hill com uma correlação entre a importação de maçãs e o aumento dos divórcios para mostrar que a correlação não implica causalidade.
Nesta controvérsia, sugeriu-se que o fato de Fisher ter sido consultor de firmas de tabaco punha em dúvida o valor de seus argumentos. Ele não estava acima de aceitar recompensa financeira por seus trabalhos, mas os motivos para o seu interesse eram, sem dúvida, outros: o seu desagrado e a sua desconfiança com as tendências puritanas de todos os tipos e, talvez, também pelo consolo pessoal que ele sempre encontrou no tabaco.
Depois de se retirar da Universidade de Cambridge em 1957, passou algum tempo como investigador sênior no CSIRO em Adelaide, na Austrália. Ele morreu de câncer de cólon em 1962.
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