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quinta-feira, 25 de fevereiro de 2021

1191 - A Iniciativa GISAID

A Iniciativa GISAID promove o rápido compartilhamento de dados de todos os vírus influenza e do coronavírus causador da COVID-19. Isso inclui a sequência genética e dados clínicos e epidemiológicos relacionados associados a vírus humanos e dados geográficos e específicos de espécies associadas a vírus aviários e de outros animais, para ajudar os pesquisadores a compreender como os vírus evoluem e se espalham durante epidemias e pandemias.
Um ano desde que os primeiros genomas de SARS-CoV-2 foram lançados para o mundo em 10 de janeiro de 2020 00: 41UTC (eis a primeira imagem disponível do coronavírus recém-descoberto em Wuhan).
Um ano atrás, respostas críticas de saúde pública em todo o mundo foram iniciadas, quando o China compartilhou via GISAID os primeiros genomas inteiros do SARS-CoV-2 e dados associados.
Esses dados com curadoria de alta qualidade disponibilizados por meio do GISAID permitiram o início do desenvolvimento das primeiras vacinas, testes de diagnóstico e outras respostas a uma velocidade sem precedentes, incluindo as primeiras vacinas a serem aprovadas e disponibilizadas (Polack et al N Engl J Med 2020 ), e o desenvolvimento dos primeiros testes moleculares baseados em NAAT e RT-PCR para detectar o coronavírus pandêmico (Bohn et al Clin Chem Lab Med 2020).
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SURGIMENTO DE MUTAÇÕES PARA INICIANTES 👉
1. Vírus precisam invadir uma célula para usar algumas de suas estruturas como uma máquina copiadora.
2. Usando material em conjunto com o maquinário celular, o vírus produz milhões de cópias.
3. A copiadora não é perfeita, então algumas cópias não saem exatamente iguais a original.
4. Esses erros nas cópias (mutações) ocorrem aleatoriamente, mas, em geral, uma taxa mínima de erros a cada x número de cópias é esperada, dependendo do vírus e do gene copiado.
5. Alguns erros na cópia (mutações) não vão afetar em nada o desempenho do vírus: seja a capacidade de gerar novas cópias, a de se transmitir ou a de infectar mais facilmente. Outras vão até prejudicar o vírus nessas capacidades. Essas tendem a simplesmente desaparecer, simplesmente porque as cópias originais são mais capacitadas p/ se copiarem, transmitirem ou infectarem que as novas. É a teria de Darwin em tempo real.
6. O problema acontece quando um desse erros provoca uma alteração na estrutura de proteínas importantes que o vírus utiliza p/ se transmitir ou infectar células. É como se o vírus aperfeiçoasse alguma ou algumas ferramentas que utiliza para chegar a outro hospedeiro e/ou invadir novas células.
7. Cópias com mutações favoráveis possuem uma vantagem adaptativa sobre as cópias originais e, portanto, tendem a prevalecer sobre essas à medida que infectam novas células e novamente se copiam.
8. Qual a chance de acontecer um erro na cópia que favorece o vírus? É uma questão de probabilidades. Se é esperado a ocorrência de um erro (mutação) a cada x cópias, se você tem 10, 100 ou 1000 processos de cópias a chance de mutações acontecerem são de 10x, 100x e 1000x, respectivamente. Lembrem, nem todas serão mutações favoráveis. Supondo que em um paciente emergiu uma cópia mutante que acabou se sobrepondo sobre as originais, isso é garantia de sucesso? Claro que não, pois esse mutante ainda precisa se transmitir para outro indivíduo para se manter, porque o ciclo invariavelmente vai acabar naquele organismo, por resolução da doença pelo sistema imune (maioria das vezes) ou pelo óbito do paciente. Em suma, a mutante precisa passar adiante!
9. Então, onde temos mais chance de ter mutantes circulando? Considere as variáveis: taxa de mutação (erros de cópia) esperada (isso é fixo, não podemos mudar), número de cópias ativas acontecendo (conseguimos modificar diminuindo o número de pessoas infectadas), e número de oportunidades de transmissão (isso conseguimos mantendo as medidas individuais e coletivas de proteção). Logo, chance de mutante com vantagem adaptativa sobre original = n.º de mutações esperadas a cada X cópias X n.º de cópias sendo feitas X n.º de transmissões ocorrendo. Portanto, facilmente se compreende que a maior chance de aparecer um mutante são em contextos de muitas infecções e poucas medidas de controle.
Thread de Alexandre Zavascki

quinta-feira, 17 de setembro de 2020

1167 - Genoma completo da vacina brasileira contra tuberculose é desvendado

A variante da vacina BCG utilizada no Brasil para imunização contra tuberculose – a BCG Moreau RDJ – teve o seu código genético integralmente desvendado por especialistas do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz). O estudo publicado na edição de outubro do periódico Journal of Bacteriology foi liderado pela pesquisadora Leila Mendonça Lima, do Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática do IOC, e realizou a descrição do DNA completo da cepa vacinal. Esta é a terceira variante da BCG a ter seu genoma completamente sequenciado no mundo. Os dados obtidos são fundamentais para avanços futuros, como o aprimoramento da vacina e o desenvolvimento de novos imunizantes combinados. A sequencia genômica completa com anotação detalhada foi tornada pública no banco de dados EMBL/Genbank.
A identificação de todas as sequências de nucleotídeos e genes que formam o DNA da cepa de Mycobacterium bovis atenuada, utilizada na fabricação da vacina brasileira contra a tuberculose, representa um passo fundamental na luta contra a doença no país. "Foram necessários anos de trabalho minucioso e detalhado, quase artesanal, em que foi preciso estudar e descrever cada pequena e complexa região do genoma, além de comparar nossos resultados com a literatura, para predizer com exatidão os genes e as diferenças em relação a genomas de referência", descreve Leila. "A partir de agora, temos uma grande quantidade de informação sobre a cepa vacinal brasileira, com um alto grau de detalhamento, que poderá ser utilizada para fortalecer e diversificar as linhas de pesquisa desenvolvidas no Brasil e no mundo sobre a doença", comemora. O projeto, financiado pela Fundação Ataulpho de Paiva e pela Fiocruz, através do programa PDTIS, resultou também em ferramentas para a rastreabilidade da cepa vacinal.
Os resultados obtidos no IOC abrem caminho para o aprimoramento da própria vacina, a sua identificação clínica e microbiológica, e o desenvolvimento de novos imunizantes. "Podemos usar estas informações para estudos que visem melhorar a imunoproteção, reduzir os possíveis efeitos colaterais e melhorar o controle de qualidade da vacina brasileira, por exemplo", enumera a pesquisadora. "Também será possível pensar em vacinas recombinantes de DNA que imunizem contra tuberculose e outros agentes causadores de doenças, como protozoários, vírus e bactérias, promovendo alterações no DNA da BCG Moreau", cogita.
Leia a íntegra deste artigo de Marcelo Garcia em Comunicação - Instituto Oswaldo Cruz.
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Metrópoles, 10/09/2020 - Conhecida por oferecer uma resposta imunológica robusta, a vacina BCG – contra tuberculose – será testada no Brasil e em outros três países para avaliar o potencial na prevenção contra a Covid-19. A Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) conduzirá um estudo clínico em território brasileiro com o recrutamento de 3 mil voluntários saudáveis, todos profissionais de saúde que atuam no enfrentamento ao novo coronavírus, no Rio de Janeiro e em Mato Grosso do Sul. Os pesquisadores acreditam que a vacina estimula a resposta inata do sistema imunológico contra a infecção por diversos patógenos. Outros estudos mostram que países com cobertura da BCG têm índices mais baixos de mortes pela Covid-19 por milhão de habitantes. Agora, eles querem verificar se a vacina tem potencial para proteger contra a infecção do novo coronavírus ou se pode atenuar a doença nos pacientes da Covid-19. A pesquisa, em parceria com o instituto australiano Murdoch Children’s Research Institute, está na fase 3 e acontece também na Austrália, Espanha e Reino Unido. Ela é financiada pela Fundação Gates e conta com o apoio da Organização Mundial da Saúde (OMS).

segunda-feira, 2 de janeiro de 2017

936 - Isto me surpreendeu

Trigo, arroz e milho... têm genomas mais complexos do que nós, seres humanos.
http://b-gat.es/2h7PZSl

quinta-feira, 27 de junho de 2013

511 - Nós somos realmente nós?

1 De acordo com o último censo realizado, há mais células bacterianas do que células humanas no corpo humano. Até dez vezes mais, segundo alguns estudos. Apesar de seu vasto número, essas bactérias só não ocupam um espaço proporcionalmente maior porque elas são menores do que as células humanas. No entanto, ainda que pareça algo assustador, a participação delas na economia humana deve ser vista como um fato salutar. LINK
2 O genoma humano contém cerca de 100.000 fragmentos de retrovírus endógenos, que compõem cerca de oito por cento de todo o nosso DNA. A evolução, que é um processo infinitamente criativo, pode transformar o que parece totalmente inútil em algo valioso. Desse modo, os detritos virais espalhados em nossos genomas acabam sendo matéria-prima para novos genes. E, de tempos em tempos, o DNA de origem retroviral tem sido aproveitado para nossos próprios fins. LINK

17/01/2016 - Atualizando ...
Por muito tempo, pensou-se que os corpos humanos contivessem 10 vezes mais bactérias do que células humanas. Masnovos cálculos sugerem que isso não é verdade. Um "homem normal" tem mais ou menos o mesmo número de bactérias e de células humanas em seu corpo. Ele seria formado por cerca de 40 trilhões de bactérias e 30 trilhões de células humanas. Isto é uma proporção de 1,3 bactérias para cada célula humana. LINK