quinta-feira, 25 de fevereiro de 2021

1191 - A Iniciativa GISAID

A Iniciativa GISAID promove o rápido compartilhamento de dados de todos os vírus influenza e do coronavírus causador da COVID-19. Isso inclui a sequência genética e dados clínicos e epidemiológicos relacionados associados a vírus humanos e dados geográficos e específicos de espécies associadas a vírus aviários e de outros animais, para ajudar os pesquisadores a compreender como os vírus evoluem e se espalham durante epidemias e pandemias.
Um ano desde que os primeiros genomas de SARS-CoV-2 foram lançados para o mundo em 10 de janeiro de 2020 00: 41UTC (eis a primeira imagem disponível do coronavírus recém-descoberto em Wuhan).
Um ano atrás, respostas críticas de saúde pública em todo o mundo foram iniciadas, quando o China compartilhou via GISAID os primeiros genomas inteiros do SARS-CoV-2 e dados associados.
Esses dados com curadoria de alta qualidade disponibilizados por meio do GISAID permitiram o início do desenvolvimento das primeiras vacinas, testes de diagnóstico e outras respostas a uma velocidade sem precedentes, incluindo as primeiras vacinas a serem aprovadas e disponibilizadas (Polack et al N Engl J Med 2020 ), e o desenvolvimento dos primeiros testes moleculares baseados em NAAT e RT-PCR para detectar o coronavírus pandêmico (Bohn et al Clin Chem Lab Med 2020).
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SURGIMENTO DE MUTAÇÕES PARA INICIANTES 👉
1. Vírus precisam invadir uma célula para usar algumas de suas estruturas como uma máquina copiadora.
2. Usando material em conjunto com o maquinário celular, o vírus produz milhões de cópias.
3. A copiadora não é perfeita, então algumas cópias não saem exatamente iguais a original.
4. Esses erros nas cópias (mutações) ocorrem aleatoriamente, mas, em geral, uma taxa mínima de erros a cada x número de cópias é esperada, dependendo do vírus e do gene copiado.
5. Alguns erros na cópia (mutações) não vão afetar em nada o desempenho do vírus: seja a capacidade de gerar novas cópias, a de se transmitir ou a de infectar mais facilmente. Outras vão até prejudicar o vírus nessas capacidades. Essas tendem a simplesmente desaparecer, simplesmente porque as cópias originais são mais capacitadas p/ se copiarem, transmitirem ou infectarem que as novas. É a teria de Darwin em tempo real.
6. O problema acontece quando um desse erros provoca uma alteração na estrutura de proteínas importantes que o vírus utiliza p/ se transmitir ou infectar células. É como se o vírus aperfeiçoasse alguma ou algumas ferramentas que utiliza para chegar a outro hospedeiro e/ou invadir novas células.
7. Cópias com mutações favoráveis possuem uma vantagem adaptativa sobre as cópias originais e, portanto, tendem a prevalecer sobre essas à medida que infectam novas células e novamente se copiam.
8. Qual a chance de acontecer um erro na cópia que favorece o vírus? É uma questão de probabilidades. Se é esperado a ocorrência de um erro (mutação) a cada x cópias, se você tem 10, 100 ou 1000 processos de cópias a chance de mutações acontecerem são de 10x, 100x e 1000x, respectivamente. Lembrem, nem todas serão mutações favoráveis. Supondo que em um paciente emergiu uma cópia mutante que acabou se sobrepondo sobre as originais, isso é garantia de sucesso? Claro que não, pois esse mutante ainda precisa se transmitir para outro indivíduo para se manter, porque o ciclo invariavelmente vai acabar naquele organismo, por resolução da doença pelo sistema imune (maioria das vezes) ou pelo óbito do paciente. Em suma, a mutante precisa passar adiante!
9. Então, onde temos mais chance de ter mutantes circulando? Considere as variáveis: taxa de mutação (erros de cópia) esperada (isso é fixo, não podemos mudar), número de cópias ativas acontecendo (conseguimos modificar diminuindo o número de pessoas infectadas), e número de oportunidades de transmissão (isso conseguimos mantendo as medidas individuais e coletivas de proteção). Logo, chance de mutante com vantagem adaptativa sobre original = n.º de mutações esperadas a cada X cópias X n.º de cópias sendo feitas X n.º de transmissões ocorrendo. Portanto, facilmente se compreende que a maior chance de aparecer um mutante são em contextos de muitas infecções e poucas medidas de controle.
Thread de Alexandre Zavascki

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