Como qualquer tecnologia a ressonância magnética nuclear também apresenta seus inconvenientes. Um deles é que os aparelhos de RMN são basicamente ímãs gigantescos e superpotentes (capazes de criar campos magnéticos de 15.000 a 100.000 vezes maiores do que o da Terra). Por isso, é absolutamente proibido haver qualquer objeto metálico ferromagnético na sala de RMN, durante o funcionamento do aparelho.
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